El Sistema de Vigilancia Genómica de COVID-19 del Departamento de Salud se estableció en febrero 2021, aunque los esfuerzos de secuenciación comenzaron en el 2020. La vigilancia se basa en pruebas diagnósticas de COVID-19 que provienen de diversas fuentes. Este proceso culmina con el enlace de los resultados de secuenciación con la información proveniente de la investigación de caso realizada a cada paciente, integrada en la plataforma BioPortal. Esta investigación recoge principalmente datos sociodemográficos e información sobre sintomatología, historial de exposiciones y curso de la enfermedad.